Элиза, в частности, изучала письма Ипполита Тэна, Джона Стюарта Милля, Герберта Спенсера, Генри Томаса Бокля. С помощью полученных знаний она пыталась понять, в чём причины краха помещичьей системы и проблем с адаптацией к новой экономической действительности: причины, которые крылись как во внешних обстоятельствах, так и во внутренних свойствах сословия, к которому принадлежала сама Ожешко. Она также понимала, почему милая её сердцу патриотическая традиция, которую так лелеяли помещики, крестьянству была по меньшей мере безразлична, а то и вовсе чужда.
В тот период Ожешко начала писать. Она установила контакты с обществом, сосредоточенным вокруг журнала «Tygodnik Ilustrowany» и печатного органа варшавских позитивистов «Przegląd Tygodniowy». Писательница развелась с мужем и вступила в отношения со Станиславом Нагорским, с которым заключила официальный брак лишь 21 октября (2 ноября) 1894 году. Занималась благотворительной и общественной деятельностью.
В печати дебютировала в 1866 г. с рассказом «В голодные годы». Ранние романы и повести написаны на темы общественной эмансипации и борьбы женщин за человеческое достоинство. Также в её творчестве нашли отражение такие темы как разложение патриархального помещичьего уклада и возвышение буржуазии. Для её творчества 1860-х – 1870-х гг. характерны тенденциозные жанры «повести с тезисом», «рассказа с тезисом». В 80-е годы Ожешко посвятила несколько романов проблематике нарастающего социалистического движения и революционной угрозы («Ведьма», «Сильвек-могильщик», «Зыгмунт Лавич и его товарищи»). Она отмечала разные причины деятельности революционеров: от незрелости и наивности до преступных наклонностей; самого явления она не понимала и не принимала. В последний период творчества Ожешко возвращается к теме большого города и разложения буржуазной культуры («Австралиец»), к полемике с декадентами («Аргонавты»), однако ее главные литературные достижения уже остались в прошлом. Из произведений того периода стоит отметить «Ad astra». Произведение написано в соавторстве с Тадеушем Гарбовским в форме корреспонденции между Севериной Здроевской и живущим в Вене учёным-натуралистом Тадеушем Родовским. Романтический мотив использован здесь для того, чтобы показать философскую дискуссию между скептически настроенным учёным-пессимистом и героиней, занимающей религиозные позиции и исповедующей веру в нравственную гармонию мира. В поэтике романа отчетливо прослеживается влияние модернизма. Ожешко также занималась публицистикой, высказываясь по актуальным социальным проблемам (например, «Несколько слов о женщинах», 1870, «О тяжёлой участи детей», 1876, «Патриотизм и космополитизм», 1880, «О евреях и еврейском вопросе», 1882).
Выдвигалась на Нобелевскую премию по литературе за 1905 г.. В 1906 она получила премию им. Ф. Кохмана.
Велика заслуга Ожешко в развитии польской новеллы, семейно-бытового и социального романа. Её стремление к глубокому раскрытию внутреннего мира человека обогатило польскую литературу опытом психологического анализа. Вместе с произведениями Пруса и Сенкевича её творчество составило эпоху расцвета польского реализма XIX века.
Произведения Элизы Ожешко неоднократно переводились на русский язык.
Элиза Ожешко умерла 18 мая 1910 года в Гродно, где и была похоронена. В Гродно находится её музей и памятник работы Ромуальда Зериха. В Варшаве установлен памятник писательнице, выполненный скульптором Хенриком Куном. С 1920 года действует Общество им. Элизы Ожешко.
