А создайте раздельные библиотеки, там есть выбор типа файлов при создании. Сделать две папки, в одной FB2, во второй RTF, PDF и всё остальное. Я давно уже собираю только FB2, т.к. в остальном наборе мало что меня интересует и смысла нет копить гигабайты ради пары тройки файлов. Не читаются там некоторые ранние файлы, там либо с кодировкой проблемы, либо с самим файлом. В основном они есть в более поздних версиях. Таких файлов в библиотеке порядка 3000 штук. Сейчас тоже выдаёт иногда ошибки, к примеру, когда файл с размером ноль, вот там примерно такие случаи. Флибуста пополняется самими пользователями, зачастую смутно представляющими как правильно кодировать FB2 из того же текста и как правильно прописать теги.