В любом случае файл pdf или djvu сначала необходимо преобразовать в текст, для этого хорошо подойдет Fine Reader, отредактируете несуразности, сохраните в rtf, а потом воспользуйтесь программой BookDesigner или FictionBook Designer для создания fb2, там все понятно, даже тому, кто ни разу этого не делал. Удачи!