Родился в Рёккене (недалеко от Лейпцига, восточная Германия), в семье лютеранского пастора Карла Людвига Ницше (1813—1849).
Во время обучения в гимназии проявил способности к филологии и музыке. Его авторству принадлежит 73 музыкальных сочинения. Прекратил заниматься музыкальной композицией в 29 летнем возрасте, после того как подвергся критике со стороны ведущих музыкантов своего времени Ганса фон Бюлова за своё фортепианное сочинение «Манфред размышляющий» и Вагнера за пьесу «Отзвук новогодней ночи».
В 1864-1869 годах Ницше изучал теологию и классическую филологию в Боннском и Лейпцигском университетах. В этот же период познакомился с сочинениями Шопенгауэра и стал поклонником его философии. На развитие Ницше также оказала влияние дружба с Рихардом Вагнером, продолжавшаяся три года. Когда началась франко-прусская война, он хотел попасть на фронт, но в силу того, что жил в нейтральном государстве — Швейцарии, он смог попасть туда только в качестве санитара. От раненых он подхватил множество болезней, в частности дифтерию и дизентерию.
Ницше был блестящим студентом и приобрёл прекрасную репутацию в научных кругах. Благодаря этому он уже в 1869 году в возрасте 25 лет получил должность профессора классической филологии Базельского университета. С перерывами на болезни и участие во Франко-прусской войне 1870—1871 гг. он проработал там около 10 лет. В это время Ницше являлся гражданином мира, поскольку в самом начале профессорской карьеры демонстративно отказался от прусского гражданства.
В 1879 году Ницше был вынужден уйти в отставку по состоянию здоровья (почти ослеп, у него были невыносимые головные боли, которые он лечил опиатами, проблемы с желудком). В 1879-89 годах он вёл образ жизни независимого писателя, переезжая из города в город, и создал в этот период все свои основные произведения. Лето Ницше обычно проводил в Швейцарии (в окрестностях горы Санкт-Мориц, Граубюнден), а зиму в итальянских городах Генуя, Турин и Рапалло и французской Ницце. Он весьма бедно жил на пенсию по инвалидности от университета Базеля, но также получал финансовую помощь от своих друзей. Доходы Ницше от публикации своих произведений были минимальными. Популярность пришла к нему в конце 1880-х годов.
Творческая деятельность Ницше оборвалась в начале 1889 года в связи с помутнением рассудка. Существует несколько версий, объясняющих причину болезни. Среди них — плохая наследственность (душевной болезнью в конце жизни страдал отец Ницше); возможное заболевание сифилисом, спровоцировавшим безумие; а также помутнение разума, вызванное «заказным отравлением», которое связано с активной политической деятельностью, которую развернул Ницше в конце 1880-х годов. Философ немедленно был помещён в провинциальную психиатрическую больницу и скончался 25 августа 1900 года.Он был похоронен в старинной реккенской церкви, датируемой первой половиной XII века. Рядом с ним покоятся его родные.
