В 1995 году Шмитт встретился с режиссером и постановщиком Пьером Журданом, который предложил ему сделать новую французскую версию либретто оперы Моцарта «Женитьба Фигаро». Два года понадобилось Шмитту, чтобы завершить эту работу.
За «Гостем» в 1996 году последовали «загадочные вариации» — драма, созданная специально для Алена Делона и Франсиса Юстера. Она была поставлена в Театре Мариньи в Париже и сразу же покорила театралов во всем мире от Токио до Лос-Анжелеса. Годом позже Шмитт пишет пьесу «Распутник», своего рода философскую комедию о Дидро. После необыкновенно успешной постановки в театре Монпарнас она приглянулась кинорежиссеру Габриэлю Агийону и была экранизирована в 2000 году. Шмитт впервые выступил в роли сценариста, собрав в этом фильме целое созвездие актеров: Венсан Перез, Фанни Ардан, Жозиан Баласко, Мишель Серро. В Петербурге пьеса с успехом идет в театре «Буфф». Еще одним подарком для зрителей явилась постановка пьесы «Frédérick ou le Boulevard du crime» с Жан-Полем Бельмондо в роли Фредерика Леметра — звезды французской сцены 40-х годов XIX века, с большим успехом прошедшая на сцене Театра Мариньи в 1998 году. Талант драматурга был оценен премией Академии Бальзака (Prix de Académie Balzac). В 2002 году режиссёр Владислав Пази поставил «Фредерика» в Академическом государственном театре им. Ленсовета. Второй роман Шмитта «Евангелие от Пилата» становится литературным событием осени 2000 года. За роман автор отмечен Гран-при журнала «Elle» (Grand prix des lectrices de Elle), что свидетельствует о его чрезвычайной популярности у широкого круга читателей. Восемь лет продолжалась работа над этим историческим романом с мистическим и почти детективным сюжетом о расследовании, предпринятом прокуратором Иудеи с целью найти пропавшее тело распятого Христа. История и религия переплетаются в романах Шмитта, создавая неповторимый стилистический рисунок и с легкостью перенося читателя в другие эпохи. Эти особенности характерны и для прозы Шмитта малой формы, как «Цикл незримого» — его составляют 8 повестей, в каждой из которых раскрывается тема отношения человека к той или иной мировой религии:
«Milarepa» — буддизм в Тибете
«Мсье Ибрагим и цветы Корана» — суфизм и иудаизм
«Оскар и Розовая Дама» — христианство
«Дети Ноя» — христианство и иудаизм
«Борец сумо, который никак не мог потолстеть» — дзэн-буддизм
«Оскар и Розовая Дама» — книга, не оставляющая равнодушными ни детей, ни взрослых.
Её герой — десятилетний мальчик, больной лейкемией — пишет Господу Богу, с прелестным юмором и непосредственностью рассказывая о забавных и грустных происшествиях больничной жизни. За этим нехитрым рассказом кроется высокая философия бытия, страдания и смерти.
Повесть «Оскар и Розовая Дама» воплотилась в моноспектакль, в котором две роли в одном лице представила во Франции знаменитая актриса Даниэль Дарье (постановка 2003 года на сцене театра La Comédie des Champs-Elysées), а в Санкт-Петербурге — Алиса Фрейндлих (постановка 2004 года в Академическом государственном театре им. Ленсовета). По повести «Мсье Ибрагим и цветы Корана», удостоенной Немецкой книжной премии в 2004 году, режиссером Брюно Кремером был также поставлен успешный спектакль, а затем она была экранизирована Франсуа Дюпейроном (в 2004 году Омар Шариф, исполнитель главной роли в этом фильме, получил премию Сезар в номинации «Лучший актер» .
В 2001 году Шмитту за совокупность произведений для театра была присуждена театральная премия Французской Академии (Prix du théâtre de Académie française).
Шмитт продолжает работать в кино — с Катрин Денев над экранизацией «Опасных связей», с Жераром Депардье над ролью Вольпоне в фильме «Коварный лис».
Также автор помимо театра и кино продолжает заниматься литературой. Роман 2001 года «Другая судьба» вызвал бурную критику общественности, так как описывает два параллельных мира: в одном из них Адольф Гитлер успешно сдаёт вступительные экзамены в Венской академии изобразительных искусств в 1908 году и не становится диктатором, а в другом происходит реальное историческое развитие событий.
Позже у автора выходят романы «Как я был произведением искусства» и «Улисс из Багдада», которые также не остаются незамеченными критиками и читателями. Отдельного упоминания заслуживают сборники малой прозы Шмитта («Одетта. Восемь историй о любви», «Мечтательница из Остенде», «Концерт «Памяти Ангела»»), пользующиеся неизменной популярностью у читающей публики. Эрик-Эммануэль Шмитт продолжает активно работать в литературном и театральном направлении, живет в Брюсселе, а с 2008 года имеет кроме французского ещё и бельгийское гражданство.
