По всей видимости это ошибка в базе данных Либрусека.
Последний нормальный дамп базы был за 7 февраля 2013 г.
Начиная с 8 февраля все inpx получаются кривые.
Я борюсь с этим следующим образом:
создал inpx из дампа за 7 февраля, выдернул из него 091000-091999.inp (у меня архивы-тысячники),
и после создания нового inpx (я их создаю практически каждый день) заменяю в нем 091000-091999.inp
P.S.
Сегодня забыл заменить inp, а коллекция создалась нормально.
Занялся проверкой дампов. Оказалось что с дампа за 14 марта (выкладывался Либрусеком 15.03 в 05-05 мск.) и по сей день всё нормально. Значит базу поправили на Либрусеке.