Орден Св. Владимира 4 ст., 1895
Орден Трудового Красного Знамени, 1938
5 орденов Ленина
Орден Трудового Красного Знамени МНР, 1948
Медаль «За доблестный труд в Великой Отеч. войне 1941—1945 гг.»
Медаль «В память 800-летия Москвы»
Медаль «В память царств. Имп. Александра III»
Медаль «25 лет МНР»
Премия им. Н. М. Пржевальского
Большая золотая медаль Русского географического общества
Премии им. П. А. Чихачёва французской академии наук (1898, 1925)
Первая золотая медаль им. А. П. Карпинского (1947)
Премия им. В. И. Ленина (1926)
Сталинской премии (1941, 1950).
Обручева названы: Научно-техническая библиотека Томского политехнического университета в Томске, горный хребет в Туве, гора в верховьях Витима, оазис в Антарктиде, подводная возвышенность в Тихом океане у берегов Камчатки, улицы в Иркутске, Москве и Томске, минерал обручевит (гидратированная ураноитриевая разновидность пирохлора). За лучшие работы по геологии Сибири АН СССР в 1938 учредила премию им. В. А. Обручева.
