D.akaSS Программ для обработки и редактирования pdf много. Но, как правило, они не бесплатные, т.е. надо применять "лекарство". На трекере есть раздача с самым разнообразным набором софта для подготовки и изготовления книг
https://46.21.250.43/viewtopic.php?t=1858 , но она 2010 года и по-моему софт устарел.
Я рекомендую использовать adobe acrobat. Она кроме простейших операции редактирования, а именно замена страниц, имеет огромный набор инструментов на все случаи жизни и виртуальный принтер +дружелюбный интерфейс.