Следующий роман писателя — «Голос нашей тени» [Voice of Our Shadow], изданный в 1983 году, хотя его главным героем также был писатель, существенно отличался от предыдущего, прежде всего гораздо более мрачной атмосферой и многочисленными приемами, типичными для жанра ужасов. Роман был признан не менее удачным, чем первый, и критики поспешили занести Кэрролла в ряд писателей, специализирующихся на романах ужасов.
Сам писатель, однако, имел на этот счет другие планы: «Мой издатель из Англии предложил мне кучу денег за большой роман-хоррор. Единственное требование — роман должен был быть длинным и пугающим. Написание романа в 300 страниц занимает у меня почти год. Они хотели 600 страниц и это отняло бы у меня по меньшей мере два года. Глазные яблоки на полу и кровь на стенах в течении двух лет в моей голове — это слишком, так что я сказал «нет»».
После нескольких рассказов Кэрролл выпустил свой третий роман — «Кости Луны» [Bones of the Moon]. Его также упоминает в своем эссе «В традиции», посвященном книгам жанра «hard fantasy», Майкл Суэнвик: «Кэрролла отличает не только внимание к чувственным деталям. Фантастический мир Рондуа, куда его героиня Каллен Джеймс попадает в сериале продолжающихся снов, ярок, как иллюстрации из классических детских книг. И даже второстепенные детали этих сновидений пробуждают глубинную память... В своих снах Каллен, вместе с сынишкой Пепси — от которого в «реальном» мире она избавилась, сделав аборт, — с волчицей Фелиной, верблюдом Марцио и Мистером Трейси, собакой в широкополой фетровой шляпе, отправляется в поход на поиски пяти Лунных костей. В своей жизни наяву она страдает, любит, выходит замуж, снова страдает, находит новых друзей — и сталкивается с последним ужасом там, где пересекаются реальность и сны».
Следующий роман [Sleeping in Flame] (1988) косвенно связан с предыдущим и даже носит подзаголовок второй книги цикла «Трилогия Рондуа» [The Rondua Trilogy]. Его издание, вкупе с успехом рассказа [Friend's Best Man], получившего World Fantasy Award, позволил критикам на этот раз занести Джонатана Кэрролла, ранее все же более известного как мастера пишущего на стыке мэйнстрима и ужасов, в ряды писателей фэнтези. А окончательно закрепила за Кэрроллом репутацию «твердого фэнтезийщика» (автор старательно отвергает и этот титул) книга «Дитя в небе» [A Child Across the Sky], вышедшая в 1989 году и, казалось бы, завершившая трилогию о Рондуа, но два года спутя последовала книга «За стенами собачьего музея» [Outside the Dog Museum], получившая British Fantasy Award, а затем [After Silence] (1992), прохладно встреченный в Америке и гораздо более приветливо в Европе; [From the Teeth of Angels] (1993) — выросший из переработанного рассказа [The Moose Church], опубликованного двумя годами ранее в антологии ужасов... И еще — повесть [Black Cocktail] (1990). Так с годами трилогия переросла в целую вселенную, где герои одних книг неожиданно появляются в других, совершенно непохожих на предыдущие.
Второй цикл романов Джонатан Кэрролл начал книгой «Поцеловать осиное гнездо» [Kissing the Beehive] (1997). Герой этого романа, переживающий творческий кризис писатель, возвращается в поисках вдохновения в родной городок — Крейнс-Вью, чтобы написать документальную книгу об убийстве девушки, труп которой он вместе со школьным приятелем обнаружил в реке много лет назад. Несмотря на разбросанные по тексту элементы мистики, книга относится к жанру классического детектива, а в «полный рост» мистика появляется в последующих двух романах о Крейнс-Вью: наиболее близкой в творчестве Кэрролла к жанру «вампирского романа» книге «Свадьба палочек» [The Marriage of Sticks] (2000), которая была удостоена престижной хоррор-премии Bram Stoker Award и "Деревянное море" [The Wooden Sea] (2001), где благодарных читателей ожидает никак не желающая оставаться под землей мертвая собака, встреча с инопланетянами и выяснение способа разбудить Бога.
Кэрролл успешно продолжает работать в жанрах фэнтези, хоррора, мэйнстрима и научной фантастики, периодически публикуя свои произведения в журналах «Omni», «Weird Tales» и других. Авторский сборник рассказов писателя [The Panic Hand] был удостоен Bram Stoker Award и номинировался на World Fantasy Award'96.
Решение Кэрролла стать простым учителем английского языка привело его сначала в Тегеран, затем в Бейрут, а потом — в Американскую Международную Школу (American International School) в искренне любимой писателем Вене (Австрия), где он продолжает работать и по сей день.