В процессе образования Джедаи встретились с самым ужасным противником в своей истории - желаниями, что сводили бесчисленных неофитов с ума, что превращали внутренние распри в бесчисленную череду убийств, что заставляли магистров ужесточать правила.
Второй Великий Раскол или Столетняя Тьма - один из самых печальных эпизодов в истории Ордена, разразился в 7003 ДБЯ и продолжался вплоть до 6900 ДБЯ. Группа духовных последователей легионов Леттоу , что стали Темными Джедаями, создали ужасную армию нежити и монстров, что были подняты благодаря манипуляциям с Силой и обратили ее против своих братьев и сестер по Ордену и Галактической Республики.
Это безумие зародилось в жарких спорах насчет новых способов применения Силы, что практиковала небольшая секта рыцарей. Суть заключалась в экспериментах на жизненными формами, преобразуя их в новые виды с помощью Силы. Эта группа действительно считала, что новые способности могут быть использованы с целью продления жизни и победы над смертью.
Руководство Джедаев было не готово к подобным практикам, а потому старались отвадить "первооткрывателей" от дальнейших экспериментов. Этими отступниками были Аджанта Полл - основатель, КсоКсаан, Карнесс Муур, к которым, затем примкнули и другие Джедаи, заинтересованные в новой практике.
В последствии, это привело к конфликту - Джедаи изгнали мятежников вместе с мастерами, тогда же пролилась первая кровь. Ордену объявили войну.
Покинув миры, что были подконтрольны Джедаям, изгнанники стали готовить армию ужасных существ, которые должны были одолеть Орден и силы республиканцев. Первыми из первых были Коррибанские Зомби, неплохо показавшие себя на ранних этапах войны. Но в последствии, изгнанников начали давить - дуэли со смертельным исходом стали обычным делом.
В отчаянии, Темные Джедаи бросили все силы на создание новой армии тварей, и окопались в своих мирах. Плодом военного применения Силы стал Левиафан, что высасывал Силу из Джедаев, и помог убийцам продержаться некоторое время.
Последним рубежом стал Корбос, где силы альянса Ордена и Республики скомбинировали бомбардировку и штурм ближним боем. Изгнанники сдались. Республиканцы пытались казнить отступников за их преступления, но наивные магистры Ордена приняли роковое решение - изгнать мятежников в Неизведанные Регионы, где те могли бы понять свои ошибки. Или создать армию, чтобы в дальнейшем отвешать люлей таким "добрякам".
Итоги - Джедаи хоть и пережили раскол во второй раз, но пока даже не представляют, что их ждет впереди.
Война стала демонстрацией жизнеспособности идей о том, что смерть можно победить, наглядно поднимая мертвецов из могил.
Характерно массовое применение световых мечей силами Ордена.