Евгений Францевич Шмурло родился 29 декабря 1853 (11 января 1854) в Челябинске, в семье мелкопоместного дворянина.
В 1874 году поступил на юридический факультет Петербургского университета, затем перешёл на историко-филологический факультет. После окончания университета был оставлен для подготовки к профессорскому званию по рекомендации К. Н. Бестужева-Рюмина, одновременно преподавал историю на Высших женских курсах и в гимназиях Санкт-Петербурга. Во второй половине 1880-х — начале 1890-х гг. входил в входил в «Кружок русских историков», объединявший молодых историков петербургской школы, возглавлявшимся С. Ф. Платоновым.
В 1888 году под руководством К. Н. Бестужева-Рюмина Е. Ф. Шмурло защитил магистерскую диссертацию «Митрополит Евгений как учёный». В 1889—1891 годах Е. Ф. Шмурло — приват-доцент Петербургского университета. В 1889 году вместе с Н. И. Кареевым, Г. В. Форстеном, С. Ф. Платоновым и другими историками стал одним из учредителей Исторического общества при Петербургском университете.
В 1890 году Е. Ф. Шмурло участвовал в работе VIII Археологического съезда в Москве.
В 1891 году, работая в открытом для исследователей в 1881 году Ватиканском архиве, подготовил к публикации перевод на русский язык рассказа Джованни Тетальди о России времён Ивана Грозного.
С 1891 по 1903 годы Е. Ф. Шмурло — профессор кафедры русской истории Юрьевского университета, которую до него занимал А. Г. Брикнер.
В декабре 1892 года он обнаружил в архиве Падуанского университета источники об обучении в университете П. В. Постникова, что вместе с найденными им в России материалами стало основой для его книги о П. В. Постникове.
В 1898—1899 годах Е. Ф. Шмурло участвовал в ликвидации последствий голода в Уфе и Стерлитамакском уезде, и в 1900 году опубликовал об этом книгу очерков.
В ноябре 1903 года он был назначен на должность учёного корреспондента Академии наук в Риме при Ватиканском архиве сроком на 5 лет (переизбирался в 1908, 1913 и 1917 годах). В 1904 году на личной аудиенции у папы Пия X Е. Ф. Шмурло добился разрешения работать в архиве Конгрегации пропаганды веры. Результаты этих изысканий, работы в городских архивах, а также национальных и личных библиотеках в Италии, Испании, Франции и Голландии он обобщил в книге, вышедшей в Праге в 1928 году. По указанию Академии наук он подготовил также два сборника документов, посвящённых российско-итальянским отношениям. За время своей работы в Риме Е. Ф. Шмурло собрал для Академии наук обширную библиотеку (более 2000 документов и более 6000 книг).
В 1911 году Е. Ф. Шмурло был избран членом-корреспондентом Российской академии наук по разряду историко-политических наук. Он также был членом Русского географического и археологического обществ, Исторического общества при Санкт-Петербургском университете и членом учёных архивных комиссий Рязани, Воронежа, Витебска, Владимира и Симферополя.
После революции Е. Ф. Шмурло жил в эмиграции и занимался налаживанием связей с русским зарубежьем. В 1921 году он организовал в Риме Русскую академическую группу. В 1924 году, получив стипендию правительства Чехословакии, он переехал в Прагу, где к этому времени уже жила большая группа русских учёных. В Праге он вёл активную научную, педагогическую и общественную деятельность. Е. Ф. Шмурло входил в Учёный совет и Учёную комиссию Русского заграничного исторического архива, был историком филологического отделения Русской учебной коллегии, членом Русской академической группы в Чехословакии, почётным членом Славянского института. До 1931 года он также был председателем Русского исторического общества при правлении Союза русских академических организаций за границей, организованного по его инициативе. В это общество входили такие известные историки, как А. А. Кизеветтер, В. А. Мякотин, Г. В. Вернадский, П. Б. Струве и другие. За время своего председательства Е. Ф. Шмурло сделал на заседаниях Общества более 20 докладов, некоторые из которых были опубликованы в журнале «Записки РИО».
Е. Ф. Шмурло скончался в Праге 7 апреля 1934 года и был похоронен на Ольшанском кладбище.
Основные научные труды Е. Ф. Шмурло
«П. В. Постников. Несколько данных для его биографии» — Юрьев, 1894.
«Сборник документов, относящихся к истории царствования Петра Великого» — т. I, Юрьев, 1903.
«Россия и Италия: Сборник исторических материалов и исследований, касающихся сношений России с Италией» — СПб, 1907—1915.
«Пётр Великий в оценках современников и потомства» — 1912.
«История России 862—1917» — Мюнхен, 1922.
«Введение в русскую историю» — Прага, 1924.
«Римская курия на русском православном Востоке в 1609—1654» — Прага, 1928.
«Вольтер и его книга о Петре Великом» — Прага, 1929.
«Курс русской истории» в 3 тт. — Прага, 1931—1935.
